用物理方法灭菌，有紫外线照射及热力两大类方法。
（一）紫外线灭菌法
太阳光中含有丰富的紫外线。在烈日下直接曝晒6小时以上，物品曝晒面上的致病细菌大部分可被杀灭。所以病人使用的衣被或其他物品，可放在阳光下经烈日曝晒，每2小时翻动一次，使物品各方面都能受到日光的照射。
病人居住的房间，要经常开窗通风换气，让阳光照进室内。窗户上的玻璃，能阻挡紫外线进入室内，所以应开窗让紫外线进入室内。
除了日光中的紫外线具有杀菌能力，可使空气中的细菌数量大大减少外，室内也可用紫外线灯管照射灭菌，常用于消毒空气、水、物品表面等。对肾移植后的病人，或者反复发作的白血病、肾病正在行血液透析要长期在家居住者，最好在离病床2米左右安装一盏紫外线灯管，每天早晚开灯照射一次，每次20～30分钟。
一般来说，紫外线灯管的功率，可按被照射房间的面积估算，即每平方米地面面积用紫外线灯1瓦来计算。例如，房间面积为15平方米，则选用功率为15瓦的紫外线灯管，开灯照射即可。
做空气消毒时，由于地面及近地面处的细菌最多，所以应将灯管悬挂在高处使用时，灯管位置应合适，一般应离开地面不超过2.5米。
用于空气消毒时，照射前应先清扫房间，照射时关闭门窗，停止人员走动，照射时间为30 ~ 60分钟。消毒时间从灯亮后五六分钟算起。
大量紫外线能损伤皮肤及眼睛。在室外晒太阳时，应戴太阳镜，并应避免烈日下直接曝晒皮肤。
在室内用紫外线灯管照射消毒时，室内的人应避开该房间。如果室内的病人由于种种原因不能移出房间，可将病人的身体用白被单遮盖，同时告诉病人，不要用眼睛注视紫外线管灯的光芒，应侧身避开光照。如果治疗需要用紫外线灯照射病人时，应给被照者戴上太阳镜。
（二）热力灭菌法
热力灭菌是最常用、最可靠的方法，可以达到完全灭菌。
1．焚烧灭菌：焚烧是一种常用的灭菌方法。传染病人的排泄物、废纸、染有特殊感染的脓血敷料等，都应用火焚烧销毁。
在紧急情况下，金属器械可用火烧法消毒。这时将器械放在搪瓷盆或金属盆内，倒入少许95%酒精，点火直接燃烧。此法常可使锐利器械变钝，又能使器械失去光泽，所以一般不宜用。在急需时，烧灼不宜过热、过急，特别是刀、剪类钢制品，不要烧到红热的程度。
2．煮沸灭菌：在摄氏100度的沸水内，将物品煮沸15～20分钟（如果是手术器械类，则需要20分钟），是可靠而简便的灭菌法，适用于一切不怕水、不怕热的物品（如一般金属器械、搪瓷类及橡胶类物品等）。但对锐利器械不宜使用， 以免锋刃变钝。
在家庭中，一般铝锅洗去油污后，即可用作煮沸灭菌用具。
煮沸消毒前，先洗净被消毒物品。煮物品的水必须充足，要能淹没被消毒的物品，而且应高出物品表面，否则露出水面的部分灭菌无效。
煮锅应加盖，锅盖要严密，以保持水的温度。煮沸时间应从水沸后开始计算。如果中途加入物品，时间应从加新物品以后再度煮沸开始计算。
对橡胶及木质类用具，待水沸后再放入；玻璃、瓷器类物品要用纱布包好，放入冷水或温水中煮沸，以免骤热而破裂。如为注射器，应拔出其内芯，用纱布包好针筒、内芯。
3．蒸气灭菌：压力蒸气灭菌是医院常用的消毒灭菌方法，这是在密闭的灭菌器内，通入高压蒸气（1.5-2个大气压，温度112-120℃），达到高温灭菌作用。
在家庭灭菌中，可将所需灭菌物品，放在普通蒸笼中加热。在普通的大气压力下，一般细菌可在20～30分钟内杀死；蒸2小时以上，可达灭菌效果，但不能杀死芽胞（芽胞是某些细菌的一种特殊生存方式，比较耐热，所以需要更长的时间才能被杀灭）。